Apesar de ser objeto de um projeto de transposição no Nordeste do Brasil, o Rio São Francisco é um dos cursos d'água mais degradados de Minas Gerais, num trecho bem grande de seu leito no Estado onde nasce.
O relatório de avaliação da qualidade das águas superficiais de 2012, elaborado pelo Instituto Mineiro de Gestão das Águas (Igam), mostra que o Velho Chico apresentou nesse ano o pior resultado de densidade de cianobactérias. O problema levou a Comissão Extraordinária das Águas da Assembleia Legislativa de Minas Gerais (ALMG) até o município de São Francisco (Norte de Minas), onde foi realizada audiência pública em agosto deste ano.
A comissão, criada em março deste ano com previsão de funcionamento por dois anos, tem como objetivos: realizar estudos e debates sobre a situação dos recursos hídricos do Estado; propor políticas públicas que promovam o uso sustentável da água, sua proteção e conservação; e propor a atualização dos instrumentos legais sobre o tema. Entre todos os rios do Estado, somente no São Francisco foi registrada a densidade de cianobactérias acima de 100 mil células por mililitro de água. Esse índice foi obtido a jusante (abaixo) da cidade de São Francisco, com o predomínio da bactéria Planktothrix sp. Além disso, medições efetuadas em três unidades de planejamento e gestão dos recursos hídricos situadas entre Três Marias (Região Central do Estado), no trecho a jusante da cidade, e Manga (Norte de Minas), apresentam o índice acima de 10 mil células/ml.
Para se ter uma ideia da gravidade desse quadro, a quantidade acima de 10 mil células/ml não permite a recreação de contato primário, segundo a Deliberação Normativa 01/08, baixada em conjunto pelos Conselhos Estaduais de Política Ambiental e de Recursos Hídricos. Isso significa que a água do São Francisco nesse trecho não é adequada para contato direto e prolongado, como acontece quando se nada ou se mergulha num rio e há grande possibilidade de o banhista ingerir água.
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